市場上銷售的微生物肥料良莠不齊，為了維護廣大農民的切身利益，在選購、應用時應注意以下幾個問題。

1、沒有獲得農業部登記證產品不能購買，國家規定微生物肥料必須經過正規田間試驗充分證明其效益、無毒、無害后由農業部批準登記。正式登記證有效期5年，沒有獲得農業部登記證的微生物肥料，質量有可能有問題，不要購買和使用。

2、有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買，國家規定微生物菌劑有效活菌數≥2億/克（顆粒1億/克），復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。

3、存放時間超過有效期的微生物肥料不要使用，所以選購的微生物肥料要盡快使用，過期的微生物肥料效果肯定不好。

4、存放條件和使用方法須嚴格按規定，微生物肥料中很多有效活菌不耐高低溫和強光照射，不耐強酸堿，不能與某些化肥和殺菌劑混合，在使用微生物肥料時必須按產品說明書進行科學保存和使用。